La saison du changement, et surtout pour Francis ! En effet cette troisième saison marque le départ du jeune homme de l’école militaire pour aller travailler avec son ami Eric en Alaska, sous les ordres de l’affreuse Lavernia, mais aussi son mariage avec Piama, une jeune femme indienne. Hal essaie de devenir plus responsable, Dewey devient de plus en plus manipulateur, Malcolm connaît ses premières expériences amoureuses, et Reese amorce quelques étapes de la vie d’adulte…
Épisode 1
La famille de Malcolm part en vacances avec la famille de Stevie sur un bateau.
Épisode 2
Francis vient de quitter l'école militaire et va retrouver ses parents. Lois ne lui pardonne pas son geste et feint de l'ignorer.
Épisode 3
Lois décide de prendre un peu de bon temps et s'inscrit à un club de lecture pour femmes.
Épisode 4
Malcolm est amoureux fou de la jolie Sara : il sort ainsi avec sa toute première petite amie.
Épisode 5
Lois inscrit Malcolm, Reese et Dewey comme volontaires dans une association caritative.
Épisode 6
Lors d'un examen de routine, on a constaté un état de santé chez Hal qui relève quelques inquiétudes.
Épisode 7
Lois force Francis à passer Noël chez sa grand-mère Ida, toujours aussi détestable.
Épisode 8
Alors que Lois avait prévu d'emmener Hal avec elle à son premier cours de danse, Hal est invité par Abe à une partie de poker.
Épisode 9
Lois et Hal ont promis à Dewey de lui acheter un chien s'il parvient à s'occuper correctement d'un poisson rouge pendant deux mois.
Épisode 10
Lois est critiquée à son travail pour son aspect négligé. Elle est conduite au rayon maquillage du magasin où on la relooke.
Épisode 11
Hal emmène toute la famille au pique-nique annuel de son travail.
Épisode 12
Toute la famille (sauf Francis) est au pique-nique organisé par l’entreprise d’Hal pour célébrer l’arrivée du nouveau patron.
Épisode 13
Reese s'apprête à passer le permis de conduire. Lois et Hal, d'abord réticents, doivent s'y résigner.
Épisode 14
Cynthia est de retour d'Europe, et se montre particulièrement méprisante et distante avec les « têtes d'ampoule », sauf Malcolm.
Épisode 15
Francis revient à la maison pour l'anniversaire de Hal. Il ne vient pas seul : il est accompagné de Piama, sa femme !
Épisode 16
Hal remplace l'entraîneur de football de l'équipe de Dewey, avec pour seul mot d'ordre : le plaisir !
Épisode 17
Sur le chemin de l'école, Dewey trouve un chien errant qu'il prend sous son aile, et le baptise Montecristo.
Épisode 18
C’est au tour d’Hal de recevoir chez lui Abe, Trey, Malik, Brian et Steeve pour une partie de poker.
Épisode 19
Hal emmène les enfants chez un psy dans l’espoir qu’ils changent enfin de comportement.
Épisode 20
Lois est convoquée pour être jurée dans un tribunal, idée qui ne l'enchante guère.
Épisode 21
Dewey a la varicelle. Pour le distraire de sa maladie, Lois offre à son fils des centaines de dominos.
Épisode 22
La famille est victime d’un cambriolage en pleine nuit. Reese assomme et maîtrise héroïquement le cambrioleur…